הצינור בבאר השסתום אינו פשוט כמו קטע צינור ישר - יש הרבה חלקים מיוחדים בצורת- כגון מרפקים, טי, מפחיתים, שסתומים ומפצים. אי אפשר להשתמש ישירות בצינורות מבודדים-מוכנים ישירות במפעל וצריך לעבד אותם באתר. חלקים אלה הם בדיוק המקום בו יש סיכוי גבוה ביותר להתרחש בעיות בכל הצינור.
שכבת הבידוד של מקטע הצינור הישר נוצקת ויוצקה במכה אחת במפעל, והאיכות ניתנת לשליטה. עם זאת, החלקים המיוחדים בצורת-שכבות הבידוד בבאר השסתום צריכים להיעשות באתר, וישנן מספר שיטות עיקריות. עבור חלקי צינור משתנה-בקוטר, ניתן להשתמש במוצרי בידוד בצורת מאוורר לעיטוף. עבור רכיבים בעלי צורות מורכבות כגון שסתומים ואוגנים, ניתן לחתוך אותם עם חומרי בידוד גמישים (כגון לבד סיבים קרמיים, לבד איירגל), לעטוף אותם בשכבות מרובות, ולאחר מכן לקבע אותם עם נדן איירגל. חלק מהפרויקטים ישתמשו במעטפות בידוד טרומיות - קונכיות הבידוד מיוצרות מראש- במפעל לפי צורת החלקים המיוחדים בצורת- ומותקנות ישירות באתר.
הקושי בבידוד באר השסתום הוא איטום. התיקון של קטע הצינור הישר כבר חלש מספיק. ישנם חלקים וחיבורים מיוחדים יותר-בבאר השסתום, מה שמקשה על האיטום. אם האיטום אינו הדוק, מים עומדים ולחות בבאר יחלחלו לתוך הבידוד. באר השסתום היא מקום שבו מים מצטברים בקלות - זרימת מי גשמים לאחור, חדירת מי תהום ופעולות- המכילות מים במהלך תחזוקה עלולים לגרום- ללחות לטווח ארוך בבאר. לכן בנוסף לשכבת הבידוד עצמה, האיטום העמיד למים של שכבת המגן החיצונית הוא קריטי גם לבידוד בבאר השסתום. חלק מהפרויקטים יחילו ציפוי עמיד למים או יעטפו קרום עמיד למים מחוץ לשכבת הבידוד.
החלל בתוך באר השסתום קטן, מה שהופך אותו לא נוח לתפעול, וקשה עוד יותר להבטיח את איכות הבנייה. זו הסיבה שדליפות רבות של רשתות צינורות מתרחשות לראשונה ליד בארות שסתומים - יש הרבה חלקים בצורת-מיוחדים, איטום קשה וסביבה לחה, כל שלושת הגורמים משולבים זה בזה. תשומת לב מספקת לבידוד בבאר השסתום בשלבי התכנון והבנייה יכולה לחסוך הרבה צרות בהמשך.